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Kodama Yuichi edited this page Jan 20, 2017 · 1 revision

SQL

BioProject

BioProject10
ステータスが private (5400) or public (5500) の DDBJ アンブレラプロジェクトを取得

SELECT submission_id, project_id_prefix, project_id_counter FROM mass.project WHERE project_type = 'umbrella' AND status_id IN (5400, 5500);
  • submission_id: PSUB
  • project_id_prefix: PRJDB
  • project_id_counter: アクセッション番号の数字部分
  • project_id_prefix + project_id_counter = BioProject アクセッション番号

DRA

そのアカウント (例 ysuzuki) で DRA Experiment/Analysis から参照が許可されている BioProject BioSample の取得方法
アカウントは submission_id ysuzuki-0001 から取得可能
認証連携とあわせてアカウント情報の受け渡しについて検討必要

DRA15

SELECT submitter_id, acc_type, ref_name FROM mass.ext_permit JOIN mass.ext_entity USING(ext_id) WHERE submitter_id = 'ysuzuki' AND acc_type = 'PSUB';
  • アクセッション番号発行前: PSUB
  • アクセッション番号発行後: アクセッション番号
submitter_id acc_type ref_name
ysuzuki PSUB PRJDB1
ysuzuki PSUB PSUB000001

DRA16

SELECT submitter_id, acc_type, ref_name FROM mass.ext_permit JOIN mass.ext_entity USING(ext_id) WHERE submitter_id = 'ysuzuki' AND acc_type = 'SSUB';
  • 常に smp_id: BioSample に対して割り振る整数 ID
submitter_id acc_type ref_name
ysuzuki SSUB 1
ysuzuki SSUB 2

submission/validation api

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