DDBJ Validation Rules

DDBJ Validation Rules

ルール一覧

• https://docs.google.com/spreadsheets/d/15pENGHA9hkl6QIueFb44fhQfQMThRB2tbvSE6hItHEU/edit?ts=56a1c03e#gid=0

ルール用語

rule_class

rule_id

level

parent_rule_id

name

message

reference

comment@ja

location

correction

rule_status

CV

岡別府さんから依頼のあった CV リストをチェック（児玉、福田）。 https://docs.google.com/spreadsheets/d/15pENGHA9hkl6QIueFb44fhQfQMThRB2tbvSE6hItHEU/edit?ts=56a1c03e#gid=332343847

• リストから "" を削除
• CV 用語を整理
• growth_med は CV ではないのでチェックから外す
• NCBI に倣い sex に "pooled male and female" を追加 (大元の attributes XML は未修正)
• ユーザ定義の値が提供される場合もあり得るので、エラーレベルは error ではなく warning

気付いた点

• チェックルールを適用する順番を定義する必要がある。例 sex で Male -> male へ auto-annotation した後、CV チェック

岡別府さんからルールについて質問

回答を記載しました。 重複しているルールのいくつかは rule_status を suppressed (保留）にしました。 https://docs.google.com/spreadsheets/d/1SZLF3HYensXDMUAy0JXiES_U3sp8OwIL62gK7bwJ7fM/edit#gid=0

提案

児玉さんからの用語の提案 2/5

• rule_status

INSDC 用語は分かりにくいので、以下を提案。 提案を取り下げます（2016-03-12）

• 使用中: used
• 保留中: pending ← status の使用目的による。テスト中なら testing?
• 廃止: not_used

その他

auto-annotation → auto-correction

location → target

NCBI validation message について

NCBI error code:54 (rule_id:59)

bacteria,virus と fungi でメッセージが分岐していることが分かった(2016-03-11 福田)

• Attribute 'sex' is not appropriate for bacterial or viral organisms; did you mean 'host sex'?
• Attribute 'sex' is not appropriate for fungal organisms; did you mean 'mating type' for the fungus or 'host sex' for the host organism?

NCBI BioSample DDBJ full チェック結果一覧

NCBI のチェック結果一覧があった方が validation のイメージができると遅ればせながら気づいたので、 共有します。

https://github.com/ddbj/ddbj_validator/tree/master/ykodama/ncbi_biosample_validation_results 直下の report_ddbj.20160301_0600.txt