BioSample_seq

現行のDDBJ Validator シーケンス図

Note left of クライアント:WebAPIの\nコマンド
クライアント->BioSampleXML API: XMLファイル要求(SSUB ID or Accession ID)
BioSampleXML API->BioSample DB: SQL実行(SSUB ID or Accession ID)
BioSample DB-->BioSampleXML API: 指定されたBioSampleXMLとsubmission情報
Note right of BioSampleXML API:BioSampleのXMLに\nsubmission_id,submitter_idを埋め込む
BioSampleXML API->BioSampleXML API:BioSampleXMLの編集
BioSampleXML API-->クライアント: XMLファイル SSUBNNNNNNN.xml
Note left of クライアント:ブラウザ操作
Note over クライアント:ユーザがファイルを選択して\n[validate]ボタンを押下
クライアント->WebApp: Validator実行(XMLファイル)
WebApp->WebApp:UUID付きでXMLファイル保存\n(一意性の担保)
WebApp->Validator(Ruby): BioSampleValidator呼び出し(XMLファイル)
Validator(Ruby)->Validator(Ruby):Validator実行
Note left of Validator(Ruby):エラーの有/無/実行失敗などを返す\nエラーがあれば詳細を含む
Validator(Ruby)-->WebApp: result.json
WebApp-->クライアント: result.json, UUID付きファイル名
Note right of クライアント:エラー表示はJavaScriptで実行
クライアント->クライアント:result.jsonをパースしてエラーを画面表示
Note over クライアント:auto-correctionしたい場合は\nユーザがボタンを押下
クライアント->WebApp: 補正済みファイル要求(UUID付きファイル名,補正用jsonデータ)
WebApp-->クライアント: 補正済みXML

BioSample XML取得API シーケンス図

クライアント->BioSampleXML API: XMLファイル要求(SSUB ID or Accession ID)
BioSampleXML API->BioSample DB: SQL実行(SSUB ID or Accession ID)
BioSample DB-->BioSampleXML API: 指定されたBioSampleXMLとsubmission情報
Note right of BioSampleXML API:BioSampleのXMLに\nsubmission_id,submitter_idを埋め込む
BioSampleXML API->BioSampleXML API:BioSampleXMLの編集
BioSampleXML API-->クライアント: XMLファイル SSUBNNNNNNN.xml

D-wayからのValidator実行 シーケンス図

登録システム->BioSampleXML API: XMLファイル要求(SSUB ID or Accession ID)
Note left of BioSampleXML API:submission_id,submitter_idが\n埋め込まれたBioSampleXMLファイル
BioSampleXML API-->登録システム: XMLファイル SSUBNNNNNNN.xmlPro
登録システム->Validation API:Validator実行(XMLファイル)
Validation API-->登録システム: result.json, UUID付きファイル名
Note over 登録システム:jsonをパースして\nエラーを表示する
Note left of 登録システム:ユーザが[auto-correct]ボタンを押した場合
登録システム->Validation API: 補正済みファイル要求(UUID付きファイル名,補正用jsonデータ)
Validation API-->登録システム: 補正済みXML