Conectividad Funcional (Resting Sate)
En este tutorial aprenderás dos formas de hacer un seed-based correlation analysis (SCA) ya sea usando AFNI y FSL,o bien usando R. Como bien sabes el SCA es uno de los métodos más sencillos de estimar la Conectividad funcional en el cual primero se extrae la serie temporal promedio de una región de interés y luego se computa un mapa de correlación (pearson) de esa serie de tiempo con la del resto de los voxeles de la imagen funcional.
Para seguir este tutorial puedes usar los siguientes archivos:
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NIFTI 4D preprocesado (pronto existirá una sección sobre preprocesamiento de datos de resting state)
-
NIFTI ROI binario (Consula como hacer un ROI binario aquí)
Nota importante: Aunque quizás parezca obvio, no está de más decir que tu NIFTI 4D y tu ROI deben tener las mismas dimensiones x y z y estar en el mismo espacio. En este caso ambas imágenes ya se encuentran en el espacio del atlas MNI152.
para mayores facilidades puedes descargar el script rmap_afni.sh. Una vez que le hayas dado permisos de ejecución al archivo simplemente necesitas correrlo de la siguiente manera:
rmap_afni.sh <archivo NIFTI preprocesado> < ROI binario> <nombre del output>
ejemplo:
./rmap_afni.sh sub-001_bandassed_denoised_warp_FWHM4.nii.gz pcc_mask.nii.gz sub-001_pcc
A continuación explicaremos en detalle que es lo que hace este script:
- Extraer la serie de tiempo promedio de tu funcional usando el ROI:
fslmeants -i sub-001_bandassed_denoised_warp_FWHM4.nii.gz -m pcc_mask.nii.gz -o pcc.ts
Si realizaste bien este paso, al intrducir en la terminal el comando head pcc.ts deberías ver lo siguiente:
-3.744489014
1.972393204
10.74178089
14.54784234
8.430280266
-5.448772119
-19.30749452
-25.47799781
-21.67057823
-11.75656644
- Obtener el mapa de correlación con AFNI
3dTcorr1D -prefix sub-001_pcc_corrmap.nii.gz sub-001_bandassed_denoised_warp_FWHM4.nii.gz pcc.ts
Puedes visualizar el mapa de correlación con el visor de tu preferencia. para visualizarlo con fsleyes escribe:
fsleyes -std sub-001_pcc_corrmap.nii.gz -dr 0.3 0.8 -cm red-yellow
Si hiciste todo bien deberías ver algo como en la siguiente imagen:
