program_debug.r

### デバッグのためのソースコード（変更しなくてよい） ###
### TRUEと表示されればprogram.rは正しく，FALSEと表示されれば間違っている  ###
## このファイルについて
##  program.rファイルの中で変数is_debugをTRUEにした時に呼び出されるファイル．
##  作ったDP関数が正しく動作するかを表示する．
##  このデバッグで表示される経路ごとの減点の合計を表した行列は，こちらで用意したものが表示される．

### 2つの文字列を作成 ###
Data1<-"ATAGCG"
Data2<-"ACTCGAT"

Dist<-4.25 #デバッグ用データから求められるべき距離

S<-matrix(0,4,4)
rownames(S)<-c("A","C","G","T")
colnames(S)<-c("A","C","G","T")
S[1,]<-c(0,1.25,1.25,0.75)
S[2,]<-c(1.25,0,0.75,1.25)
S[3,]<-c(1.25,0.75,0,0.75)
S[4,]<-c(0.75,1.25,0.75,0) #デバッグ用に用意した減点行列

C.true <- matrix(c(0,1,2,3,4,5,6,
              1,0,1,2,3,4,5,
              2,1,1.25,2.25,2.75,3,4,
              3,2,1,2,3,4,3.75,
              4,3,2,2.25,2.75,3,4,
              5,4,3,3.25,2.25,3.25,3,
              6,5,4,3,3.25,3.5,4,7,6,
              5,4,3.75,4.5,4.25),7,8) #デバッグ用に用意した経路ごとの減点を示した行列

DP.result <- DP(Data1,Data2,S)  #program.r中で作ったDP関数を使って動的計画法を計算

cat("true C is ","\n")
print(C.true)  #正しいCを表示
cat("your C is ","\n")
print(DP.result$C)  #program.rが正解なら正しいCが表示される

cat("\n","program.r is ",all(C.true==DP.result$C),"\n")  #program.rが正しければTRUEと表示