update tests

Author: HelenaLC

R/CTgraph.R

@@ -25,7 +25,7 @@
 #' 
 #' @examples
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' x <- readSpatialData(x, tables=FALSE)
 #' 
 #' # object-wide

R/CTutils.R

@@ -31,7 +31,7 @@
 #' 
 #' @examples
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' x <- readSpatialData(x, tables=FALSE)
 #' 
 #' # view available target coordinate systems

R/SpatialData.R

@@ -41,7 +41,7 @@
 #'
 #' @examples
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' (x <- readSpatialData(x))
 #' 
 #' # subsetting

R/centroids.R

@@ -11,7 +11,7 @@
 #'
 #' @examples
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' x <- readSpatialData(x, tables=FALSE)
 #'
 #' centroids(label(x))

R/combine.R

@@ -10,7 +10,7 @@
 #' 
 #' @examples
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' x <- readSpatialData(x)
 #' 
 #' y <- combine(x, x)

R/crop.R

@@ -32,7 +32,7 @@
 #'
 #' @examples
 #' zs <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' zs <- system.file(zs, package="SpatialData")
+#' zs <- system.file(zs, package="spatialdataR")
 #' sd <- readSpatialData(zs, tables=FALSE)
 #'
 #' # bounding box crop of a SpatialData object

R/data.R

@@ -8,6 +8,6 @@
 #'
 #' @examples
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' (x <- readSpatialData(x))
 NULL

R/extent.R

@@ -8,7 +8,7 @@
 #'
 #' @examples
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' x <- readSpatialData(x, tables=FALSE)
 #'
 #' # object-wide

R/mask.R

@@ -22,7 +22,7 @@
 #' @examples
 #' library(SingleCellExperiment)
 #' x <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' x <- system.file(x, package="SpatialData")
+#' x <- system.file(x, package="spatialdataR")
 #' x <- readSpatialData(x, tables=FALSE)
 #'
 #' # count points in shapes

R/misc.R

@@ -14,7 +14,7 @@
 #'
 #' @examples
 #' zs <- file.path("extdata", "blobs.zarr")
-#' zs <- system.file(zs, package="SpatialData")
+#' zs <- system.file(zs, package="spatialdataR")
 #' (sd <- readSpatialData(zs))
 #'
 #' # show element